Pichegru participe à la conspiration de Cadoudal, débarque en Normandie en , mais est livré par un de ses anciens officiers, Le Blanc. Il est arrêté dans la nuit du et incarcéré à la prison du Temple.
Charles Pichegru meurt cinq semaines plus tard dans la cellule où il est enfermé. Le matin du , on trouve son corps sans vie, une cravate noire serrée autour du cou en tourniquet à l’aide d’une cheville de bois. La thèse officielle parle de suicide.
Transféré au greffe du tribunal, son corps est inhumé le même jour hors de Paris, au cimetière de Sainte-Catherine10 du faubourg Saint-Marcel, près du lieu-dit de la Croix de Clamart.